vi http://www.computationalbioenergy.org/parallel-meta.html
需要R依赖, 然而Base源里面没有,只能从别处安装
当然万事都可以从源码上, 但是这样太麻烦
作为一个懒人, 需要用一种优雅的方式来安装
yum install epel-release
装完此包后还要启用epel
vi /etc/yum.repos.d/epel.repo
把enable=0改成1, 保存退出, 就可以使用yum大法了
yum install R
环境变量很重要
Configure the environment variables
export ParallelMETA=Path to Parallel-META
export PATH=”$PATH:$ParallelMETA/bin”
Rscript parallel-meta/Rscript/PM_Config.R
测试用例
20
|-- meta.txt
|-- seq
| |-- S9066B.fa
| |-- S9066I.fa
| |-- S9138B.fa
| |-- S9138I.fa
| |-- S9155B.fa
| |-- S9155I.fa
| |-- S9170B.fa
| |-- S9170I.fa
| |-- S9182B.fa
| |-- S9182I.fa
| |-- S9202B.fa
| |-- S9202I.fa
| |-- S9296B.fa
| |-- S9296I.fa
| |-- S9307B.fa
| |-- S9307I.fa
| |-- S9320B.fa
| |-- S9320I.fa
| |-- S9412B.fa
| `-- S9412I.fa
`-- seq.list
一条龙命令
pipeline -i seq.list -m meta.txt
不指定输出目录默认是default_out